建设现代大学制度是高校改革的方向和发展的必然要求。党代会报告提出要全面落实大学作为法人实体和办学主体的权利和责任，完善内部治理结构，健全“党委领导、校长负责、教授治学、民主管理”的现代大学管理运行机制，坚持和完善党委领导下的校长负责制，构建完善的学术体系，加强民主建设，深化民主管理，推进依法治校，推动学校向现代治理结构转型，形成自我约束、自我规范的体制机制。

报告围绕激发学院办学活力，就加大学院办学自主权作出了部署。提出要深化两级管理体制改革，构建学校宏观管理、职能部门分工协调、学院成为管理实体的办学新模式。要进一步理顺学校与学院的关系，按照权利与责任相一致、放权与调控相结合的原则，扩大学院办学自主权，逐步实现管理重心下移，赋予学院更多的人事权、财务权、资源配置权和管理权，增强学院自我发展的动力和能力，激发办学活力。要改善职能部门的管理方式，进一步简政放权，优化管理服务程序，加强部门协调，提高服务效率和水平。